Минфин России письмом от 22 ноября 2017 г. N 03-04-06/77155 разъяснил:
Физические лица, зарегистрированные в установленном порядке в качестве индивидуальных предпринимателей, по суммам доходов, полученных от осуществления такой деятельности, самостоятельно исчисляют и уплачивают налог.
Однако в случае, если индивидуальный предприниматель осуществляет деятельность вне рамок видов деятельности, указанных им при регистрации, то доходы, не связанные с предпринимательской деятельностью, выплачиваемые ему организацией, подлежат обложению налогом на доходы физических лиц у источника выплаты в установленном порядке. Такая организация является налоговым агентом и независимо от статуса физического лица, обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и перечислить в бюджет сумму налога.
То есть, если предпринимателю выплачены доходы по виду деятельности, не указанному в ЕГРИП в отношении такого предпринимателя, то источник выплаты является налоговым агентом и обязан удержать из таких доходов НДФЛ.
Напомним, что данной позиции контролирующие органы придерживались и ранее.